Es importante destacar el volumen de población clasificada como «otros», ya que ellos corresponden a las pequeñas comunidades (menos de 50 habitantes), dispersas a lo largo de las orillas de los diferentes ríos del departamento, pero que junto a los «no especificados» llegan a un total de 12,840 habitantes, lo que confirma su alta dispersión.

Geográficamente los Achual, Aguaruna y los Huambisa se encuentran entre los límites de Loreto y Amazonas; los Chayahuitas (comunidad más numerosa del departamento) se encuentran en los límites con San Martín y los Cocama-Cocamilla están ubicados en su mayoría en el departamento de Loreto y sólo una pequeña proporción en el departamento de Ucayali. Los Quichua-Napo-Pastaza están en la provincia de Maynas a lo largo del río Napo. Los Piro y Yagua en la provincia de Mariscal Ramón Castilla.

Los Shipibo-Conibo comparten su población entre los departamentos de Huánuco, Loreto, Madre de Dios y Ucayali, encontrándose sólo un 5% en el departamento de Loreto. La población de las comunidades indígenas por provincias y distritos, en relación a la población total es alta, llegando a representar un 84% en el distrito de Balsapuerto en la provincia de Alto Amazonas, distrito con 96% de población rural. Existen otros cuatro distritos donde la población indígena representa más del 65% de la población total. Tales los casos de Morona (74%), Cahuapanas (67%) en la provincia del Alto Amazonas; Torres Causana (65%), Yaquerana (64%) en la provincia de Maynas. En esta misma provincia en el distrito de Putumayo dicha población representa el 53%, y en el distrito de Trompeteros, en la provincia de Loreto el 59% de la población del distrito corresponde a las comunidades indígenas. La gran mayoría de estos distritos tienen una población rural de alrededor del 80%.

En cada una de las comunidades la población de 5 y más años de edad representa más del 80%, como es el caso de los Chayahuitas (11,079 habitantes), Cocama-Cocamilla (7,478 habitantes) y los Quichua-Napo-Pastaza (8,452 habitantes), por nombrar las comunidades con mayor población. En todas ellas, la población presenta niveles muy bajos de educación, con una marcada diferencia de una comunidad a otra.

La población de las comunidades indígenas de Loreto en promedio tiene un 56% de sus miembros con algún nivel de educación primaria y sólo un 7% con algún nivel de secundaria. Aproximadamente el 90% de la población de las comunidades indígenas del departamento se encuentra con una bajísima calidad de educación, si observamos que entre los Chayahuita (comunidad más numerosa) el 43% no tiene ningún nivel y otro 43% sólo algún grado de educación primaria; o entre los Quichua-Napo-Pastaza el 56% de la población tiene sólo algún año de primaria y un 31% ningún nivel de educación.

El analfabetismo en las mujeres de 12 a 49 años de dichas comunidades fluctúa entre 40% y 60% y en las mujeres de 40 a 49 años llega a 68%.

Los hechos antes indicados, las uniones a tempranas edades y una historia de embarazos continuos sería la explicación de los altos niveles de mortalidad infantil. Mientras que el promedio departamental es 68 por mil, entre las comunidades indígenas fluctúa entre 101 (Yagua) y 148 por mil nacidos vivos (Aguaruna).

Esto está directamente relacionado con el número de hijos por mujer. Así si el promedio departamental indica 5.3 hijos, el nivel más alto de fecundidad se da entre los Shipibo-Conibo con 12.4 y el más bajo de 9 hijos por mujer entre los Chayahuita.

Loreto es también el departamento más diverso en etnias y lenguas indígenas; cuatro de las lenguas aún empleadas en el departamento son lenguas aisladas (Urarina, Taushiro y Ticuna) y alberga cinco familias de lenguas endémicas (las familias Cahuapana, Huitoto, Peba-Yagua, Tucano y Záparo). Muchas otras variedades lingüísticas han desaparecido recientemente, como el Muniche.